目的 基于网络药理学探讨山慈菇治疗骨肉瘤的药效分子与药效机制,并采用分子对接模拟技术验证其潜在药效靶点.方法 选择TCMSP数据库和HERB数据库预测山慈菇的活性成分及相关靶点;GEO数据库筛选骨肉瘤差异表达基因;取骨肉瘤差异表达基因与山慈菇预测靶点的交集获得交集基因,Cytoscape 3.8.1软件构建山慈菇活性成分-骨肉瘤靶点的关联网络;交集基因导入STRING数据库构建PPI网络,Cytoscape 3.8.1软件拓扑分析筛选出山慈菇治疗骨肉瘤的核心靶点;基于R语言的Bioconductor软件合集对交集基因进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;应用Auto Dock 1.5.6和Vina进行分子对接模拟活性成分与核心靶点的结合强度.结果 从TCMSP与HERB数据库筛选出山慈菇预测22个及其对应的靶点96个;从3个骨肉瘤芯片(GSE36001、GSE28424、GSE19276)中筛选出3178个骨肉瘤差异表达基因;活性成分的96个调控靶点和3178个骨肉瘤差异表达基因映射获得预测靶点43个.PPI拓扑分析获得4个核心靶点,即PTGS2、SRC、ESR1、CASP3;GO富集分析获得结果1518条,其中BP结果1419条,CC结果13条,MF结果85条;KEGG富集分析获得信号通路133条,主要涉及细胞凋亡、肿瘤坏死因子和P53等信号通路.分子对接模拟验证4个核心靶点和对应的9个山慈菇活
作者：段辛威；勾伟颖；杨燕妮；郑春松；陈友琴；李西海
来源：福建中医药 2023 年 54卷 5期
