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目的:运用生物信息学方法探讨甲型流感病毒所致肺损伤的可能机制。方法:从Gene Expression Ominbus(GEO)数据库中选择基因表达谱GSE57455、GSE63786和GSE64800,通过GEO2R工具在线分析,筛选出差异表达基因(DEGs),基于STRING构建蛋白互作网络图,筛选出显著模块;并对获取的DEGs进行Gene Ontology(GO)分析和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集分析。通过Cystoscape软件筛选出具有高度连接性的关键基因,并构建生物学功能图。结果:筛选得到119个交集DEGs,其中上调基因有106个,下调基因13个。GO分析显示,DEGs显著富集于免疫应答、细胞分裂等生物学过程中;显著富集于细胞外间隙、胞外区部分等细胞组成上;显著富集于趋化因子活性、细胞因子受体结合等分子功能上。KEGG通路富集显示,DEGs显著富集于细胞因子及受体相互作用信号通路、趋化因子等信号通路。同时,共筛选得到7个关键基因:FIGNL1、GBP5、ICOS、ARG1、IRF7、CYSLTR1和SLMAF8,其富集作用主要在免疫应答、精氨酸代谢、B细胞反应等生物学功能。结论:FIGNL1介导的肺组织细胞受损、IRF7和GBP5介导的Ⅰ型IFN反应、ARG1介导的精氨酸代谢以及ICOS、CYSLTR1和SLAMF8介导的趋化因子和炎性因子的活化与甲型流感病毒所导致

作者:杨灿;沃恩康;杨新燕;徐琦;杨柳;邓冠聪;路鑫怡;郭潮潭

来源:国际流行病学传染病学杂志 2021 年 48卷 1期

知识库介绍

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作者:
杨灿;沃恩康;杨新燕;徐琦;杨柳;邓冠聪;路鑫怡;郭潮潭
来源:
国际流行病学传染病学杂志 2021 年 48卷 1期
标签:
流感病毒A型 肺损伤 生物信息学 富集分析 免疫应答 炎性因子 Influenza A virus Lung injury Bioinformatics analysis Enrichment analysis Immune response Inflammatory factors
目的:运用生物信息学方法探讨甲型流感病毒所致肺损伤的可能机制。方法:从Gene Expression Ominbus(GEO)数据库中选择基因表达谱GSE57455、GSE63786和GSE64800,通过GEO2R工具在线分析,筛选出差异表达基因(DEGs),基于STRING构建蛋白互作网络图,筛选出显著模块;并对获取的DEGs进行Gene Ontology(GO)分析和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集分析。通过Cystoscape软件筛选出具有高度连接性的关键基因,并构建生物学功能图。结果:筛选得到119个交集DEGs,其中上调基因有106个,下调基因13个。GO分析显示,DEGs显著富集于免疫应答、细胞分裂等生物学过程中;显著富集于细胞外间隙、胞外区部分等细胞组成上;显著富集于趋化因子活性、细胞因子受体结合等分子功能上。KEGG通路富集显示,DEGs显著富集于细胞因子及受体相互作用信号通路、趋化因子等信号通路。同时,共筛选得到7个关键基因:FIGNL1、GBP5、ICOS、ARG1、IRF7、CYSLTR1和SLMAF8,其富集作用主要在免疫应答、精氨酸代谢、B细胞反应等生物学功能。结论:FIGNL1介导的肺组织细胞受损、IRF7和GBP5介导的Ⅰ型IFN反应、ARG1介导的精氨酸代谢以及ICOS、CYSLTR1和SLAMF8介导的趋化因子和炎性因子的活化与甲型流感病毒所导致