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为探讨聚合酶链反应‐高分辨率熔解曲线(PCR‐HRM)技术在检测呼吸道菌群中的应用,本研究用支气管镜从慢性阻塞性肺病患者下呼吸道采集分泌液,提取细菌总DNA ,以16S通用引物27F/1492R扩增16S rDNA全长,PCR产物经电泳、纯化后连接到pGEMT‐Easy载体上,构建16S rDNA克隆文库。然后以16S rDNA V3区通用引物338F/518R扩增克隆文库,V3区PCR‐HRM分析在罗氏LightCycler 480实时荧光定量PCR系统中进行,采用HRM基因扫描软件分析数据。根据不同 HRM图型,挑选克隆株测序并鉴定菌株。结果显示,PCR‐HRM技术可灵敏区分下呼吸道不同细菌16S rDNA V3区,根据 HRM图谱可极大减少克隆菌株测序样本,提示PCR‐HRM技术可作为一种快速、高通量、敏感、经济的菌群多样性检测方法。

作者:赵焕英;薛冰;方霄;陈瑛;郭伟

来源:微生物与感染 2015 年 5期

知识库介绍

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作者:
赵焕英;薛冰;方霄;陈瑛;郭伟
来源:
微生物与感染 2015 年 5期
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聚合酶链反应-高分辨率熔解曲线技术 微生物菌群 16S rDNA文库 慢性阻塞性肺病 哮喘 Polymerase chain reaction-high-resolution melt technology Microbial flora 16S rDNA library Chronic obstructive pulmonary disease Asthma
为探讨聚合酶链反应‐高分辨率熔解曲线(PCR‐HRM)技术在检测呼吸道菌群中的应用,本研究用支气管镜从慢性阻塞性肺病患者下呼吸道采集分泌液,提取细菌总DNA ,以16S通用引物27F/1492R扩增16S rDNA全长,PCR产物经电泳、纯化后连接到pGEMT‐Easy载体上,构建16S rDNA克隆文库。然后以16S rDNA V3区通用引物338F/518R扩增克隆文库,V3区PCR‐HRM分析在罗氏LightCycler 480实时荧光定量PCR系统中进行,采用HRM基因扫描软件分析数据。根据不同 HRM图型,挑选克隆株测序并鉴定菌株。结果显示,PCR‐HRM技术可灵敏区分下呼吸道不同细菌16S rDNA V3区,根据 HRM图谱可极大减少克隆菌株测序样本,提示PCR‐HRM技术可作为一种快速、高通量、敏感、经济的菌群多样性检测方法。