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目的:本研究通过对来自GEO数据库的数据和实验室测序数据进行生物信息学分析,分析ATP结合盒(ATP-binding cassette,ABC)转运蛋白基因在类风湿关节炎中的表达情况,分析ABC转运蛋白在类风湿关节炎中的作用机制。方法:采用R语言软件对人类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)、骨关节炎(osteoarthritis,OA)滑膜组织以及正常(normal,N)滑膜组织,体外实验中的人类滑膜成纤维细胞中肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor-α,TNF-α)实验组和对照组的多基因差异表达谱数据集进行综合分析。将ABC转运蛋白的差异基因与其他差异基因相关联,以获得相关性更大的差异基因。使用KEGG对具有更高相关性的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行通路富集。利用Cytospace软件的STRING在线数据库,通过蛋白质相互作用(PPI)网络分析鉴定枢纽(Hub)基因。结果:ABC转运蛋白基因差异表达:RA组与N组相比,ABCC4和ABCG1的表达显著增加,而ABCA8的表达显著降低( P<0.001);RA组与OA组相比,ABCC4的表达显著增加,ABCA8的表达显著降低( P<0.001);与对照组相比,TNF-α组ABCA5的表达显著增加。与上述ABC家族具有高度相关性的差异表达基因的KEGG通路和蛋白质相互作用(PPI)网络分析进一步发现,

作者:郑婷丹;刘倩楠;张涵旭;潘越;吴昊;付英梅;宋武琦

来源:国际遗传学杂志 2022 年 45卷 4期

知识库介绍

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作者:
郑婷丹;刘倩楠;张涵旭;潘越;吴昊;付英梅;宋武琦
来源:
国际遗传学杂志 2022 年 45卷 4期
标签:
类风湿关节炎 ABC转运蛋白 GEO数据库 生物标志物 生物信息学 Rheumatoid arthritis ABC transporters GEO Biomarker Bioinformatics
目的:本研究通过对来自GEO数据库的数据和实验室测序数据进行生物信息学分析,分析ATP结合盒(ATP-binding cassette,ABC)转运蛋白基因在类风湿关节炎中的表达情况,分析ABC转运蛋白在类风湿关节炎中的作用机制。方法:采用R语言软件对人类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)、骨关节炎(osteoarthritis,OA)滑膜组织以及正常(normal,N)滑膜组织,体外实验中的人类滑膜成纤维细胞中肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor-α,TNF-α)实验组和对照组的多基因差异表达谱数据集进行综合分析。将ABC转运蛋白的差异基因与其他差异基因相关联,以获得相关性更大的差异基因。使用KEGG对具有更高相关性的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行通路富集。利用Cytospace软件的STRING在线数据库,通过蛋白质相互作用(PPI)网络分析鉴定枢纽(Hub)基因。结果:ABC转运蛋白基因差异表达:RA组与N组相比,ABCC4和ABCG1的表达显著增加,而ABCA8的表达显著降低( P<0.001);RA组与OA组相比,ABCC4的表达显著增加,ABCA8的表达显著降低( P<0.001);与对照组相比,TNF-α组ABCA5的表达显著增加。与上述ABC家族具有高度相关性的差异表达基因的KEGG通路和蛋白质相互作用(PPI)网络分析进一步发现,