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目的 筛选英夫利西单抗(IFX)治疗溃疡性结肠炎(UC)的原发性失应答与应答患者的差异表达基因(DEGs)并进行生物信息学分析,预测对IFX失应答的UC患者的潜在靶点.方法 采用GEO2R在线工具软件分析IFX治疗的UC患者数据集GSE14580、GES 12251和GSE23597,获得DEGs;通过String数据库构建DEGs-蛋白质相互作用(PPI)网络,应用David软件进行功能和信号途径富集分析;通过Cytoscape软件及cytoHubba插件筛选出关键基因,导入DGIdb数据库中寻找潜在有效的生物制剂.结果 共筛选出UC患者对IFX治疗原发性失应答的DEGs 143个,其中上调基因10个、下调基因133个;基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析提示,DEGs主要富集于炎症反应、免疫反应、对维生素D反应、Toll样受体(TLR)通路以及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等.将Cytoscape软件及cytoHubba插件筛选出的得分最高的前20个关键基因导入DGIdb数据库进行分析,得分排名前3位的潜在有效的生物制剂分别为萨利鲁单抗、阿伐可泮、托拉利单抗.结论 UC原发性失应答样本中共有143个DEGs,主要富集于白细胞介素-6产生的调控、对维生素D的反应、TLR通路以及TNF信号通路等.萨利鲁单抗、阿伐可泮、托拉利单抗是对IFX治疗原发性失应答的UC患者潜在的治疗药物.

作者:杨想;吴莺

来源:实用临床医药杂志 2022 年 26卷 2期

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作者:
杨想;吴莺
来源:
实用临床医药杂志 2022 年 26卷 2期
标签:
溃疡性结肠炎;差异基因;生物信息学;英夫利昔单抗;失应答
目的 筛选英夫利西单抗(IFX)治疗溃疡性结肠炎(UC)的原发性失应答与应答患者的差异表达基因(DEGs)并进行生物信息学分析,预测对IFX失应答的UC患者的潜在靶点.方法 采用GEO2R在线工具软件分析IFX治疗的UC患者数据集GSE14580、GES 12251和GSE23597,获得DEGs;通过String数据库构建DEGs-蛋白质相互作用(PPI)网络,应用David软件进行功能和信号途径富集分析;通过Cytoscape软件及cytoHubba插件筛选出关键基因,导入DGIdb数据库中寻找潜在有效的生物制剂.结果 共筛选出UC患者对IFX治疗原发性失应答的DEGs 143个,其中上调基因10个、下调基因133个;基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析提示,DEGs主要富集于炎症反应、免疫反应、对维生素D反应、Toll样受体(TLR)通路以及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等.将Cytoscape软件及cytoHubba插件筛选出的得分最高的前20个关键基因导入DGIdb数据库进行分析,得分排名前3位的潜在有效的生物制剂分别为萨利鲁单抗、阿伐可泮、托拉利单抗.结论 UC原发性失应答样本中共有143个DEGs,主要富集于白细胞介素-6产生的调控、对维生素D的反应、TLR通路以及TNF信号通路等.萨利鲁单抗、阿伐可泮、托拉利单抗是对IFX治疗原发性失应答的UC患者潜在的治疗药物.