rDNA序列中的ITS作为DNA barcoding广泛应用于真菌的系统发育与物种辅助鉴定,IGS被认为可以用于种内水平不同菌株的鉴别.食用菌中还没有完整的rDNA序列的报道.本研究采用二代和三代测序技术分别对金针菇单核菌株“6-3”进行测序,用二代测序的数据对三代测序组装得到的基因组序列进行修正,得到一个在基因完整性、连续性和准确性均较好的基因组序列,对比Fibroporia vaillantii rDNA序列,获得金针菇完整的rDNA序列.金针菇rDNA序列结构分析表明,它有8个rDNA转录单元,长度均为5 903bp,有9个基因间隔区,其长度有较大差异,3909-4566bp.rDNA转录单元中,各元件的序列长度分别为:18S rDNA 1796bp、ITS1 234bp、5.8S rDNA 173bp、ITS2 291bp、28S rDNA 3 410bp.基因间间隔区中,IGS1 1 351-1 399bp、5S rDNA 124bp、IGS2 2 435-3 092bp.金针菇的5S、5.8S、18S、28S rDNA序列准确性得到转录组数据的验证,也得到系统发育分析结果的支持.多序列比对发现,不同拷贝的基因间间隔区序列(IGS1和IGS2)存在丰富的多态性,多态性来源于SNP、InDel和TRS(串联重复序列),而TRS来源于重复单元的类型和数量.9个基因间间隔区之间,IGS1只有少量的SNP和InDel,IGS2不仅有SNP和InDel,还有TRS.本研究结果提示,在应用IGS进行种内水平不同菌株

作者：徐伟南；黄蓉梅；刘媛媛；谢路昱；江玉姬；谢宝贵

来源：菌物学报 2018 年 37卷 12期