目的 发现乳腺癌中重要的环状RNA(circular RNA,circRNA)及其参与的分子生物处理过程.方法 全基因组范围内分析3种乳腺癌细胞系:MCF-7、T-47D、MDA-MB-231的脱氧核苷酸酶Ⅰ超敏感位点高通测序数据(D Nase Ⅰ hypersensitive sites sequencing,DNase-seq)和转座酶可接近性染色质高通测序数据(assay for transposase accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq),筛选出捕获的基因编码序列上对应的活化circRNA,然后基于KEGG pathway对活化circRNA基因进行富集筛选,在此结果中选取3个细胞系共有的活化circRNA基因,依据Gene Ontology的分子生物过程构建乳腺癌活化circRNA基因互作网络.结果 表达调控网络识别出111个关键功能模块,主要分为调控类和反应类,此外还包括一些重要的信号通路.将活化circRNA基因互作网络中,连接度大于50的活化circRNA基因定义为hub基因,hub基因对应的circRNA定义为hub circRNA,它们是:PTK2B、PDCD6IP、ABL1、EGFR、RHOA、MTOR、NRP1、ATR、CTNNB1、ILK、NF1、PRKCA、HNRNPK、MEF2C、PMAIP1、LYN、NR4A3、SRF、AREG、PML、PTK2、ROCK2、TGFBR2、VEGFA、DLG1、HRAS、ITGA2、CREB1、STAT3、RUNX2和TIAM1.结论 乳腺癌细胞染色质中处于活化状态的circRNA,其参与的生物

作者：张蕴显；王雅梅；周萍

来源：首都医科大学学报 2019 年 40卷 6期