通过生物信息学方法预测hsa?miR?342?3p靶基因及其功能机制。检索PubMed 有关hsa?miR?342?3p的研究报道并进行功能分析；检索miRBase获取hsa?miR?342?3p序列；通过TargetScan， Pictar 和PITA数据库预测靶基因并取交集，对其进行组织和疾病特异性表达谱分析、功能富集分析（ GO enrichment analysis）、信号转导通路富集分析（ Pathway enrichment analysis）和蛋白质相互作用网络分析（ PPI analysis）。结果发现：hsa?miR?342?3p序列在多物种间具有高度保守性； hsa?miR?342?3p在肾脏组织和急性淋巴细胞性白血病、乳腺癌疾病中表达水平较高（ RPM≥1000）；预测得到14个hsa?miR?342?3p靶基因；靶基因分子功能分别富集于转化生长因子活性、DNA结合和蛋白激酶激活等（ P＜0．05）； hsa?miR?342?3p靶基因GO生物学过程主要集中于大分子代谢抑制，肺部组织发育、呼吸系统发育及管状组织发育建成（ P＜0．05）；细胞信号通路主要富集于TGF－Beta信号通路、细胞因子、受体作用信号通路及前列腺疾病信号通路（ P＜0．01）。 hsa?miR?342?3p在体内分布广泛，预测的靶向TGF－Beta信号通路可能在疾病发生中发挥重要调控作用，是具有潜在研究价值的生物学靶标。
作者：马占兵；耿芝；焦海燕；霍正浩
来源：生物信息学 2015 年 4期
