目的:研究抗感染药物作用新靶点CrtN的结构及其与抑制剂萘替芬的作用机制,为新型CrtN抑制剂的发现奠定基础.方法:采用同源模建获得CrtN的三维结构,然后用分子动力学方法优化初始结构,并用Ramachandran图评估结果,最后通过活性位点搜索、分子对接和动力学模拟研究抑制剂萘替芬与CrtN的作用模式.结果:通过同源模建和动力学优化获得合理的CrtN结构用于药物与靶点的相互作用研究.对CrtN进行活性位点搜索,确定Site4口袋作为萘替芬的结合位点.通过分子对接及动力学模拟发现萘替芬与M51、P53、I55、I85、P146、Y150、Y190、L311、L376等形成疏水作用,与Y354形成阳离子-π键作用.结论:首次对CrtN的三维结构进行研究,阐明了疏水和阳离子-π键作用是萘替芬对CrtN产生抑制活性的重要分子基础.
作者：索慧荣
来源：天津医科大学学报 2017 年 23卷 2期
