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背景:类风湿关节炎的发病机制目前尚不完全明确,免疫失衡是类风湿关节炎发病的重要环节,而免疫浸润在类风湿关节炎中的相关调控机制的研究较少.目的:利用GEO基因芯片数据库,对类风湿关节炎基因探针芯片数据进行通路富集和免疫浸润分析,并对类风湿关节炎免疫调节相关生物学过程进行中药预测,为深入了解类风湿关节炎的免疫相关机制及中药干预免疫调节提供理论依据.方法:检索类风湿关节炎滑膜组织相关基因探针的GEO基因芯片数据库,并以正常滑膜组织作为对照,利用STRING数据库对差异基因进行蛋白网络互作分析,并筛选出核心靶基因;运用R语言及相关安装包程序对类风湿关节炎差异基因进行基因本体论(GO)及基因通路富集分析(KEGG);通过CIBERSORT反卷法对22类免疫细胞在类风湿关节炎组及对照组的含量及比例进行分析;利用COREMINE数据库对显著富集的免疫相关的生物学过程及核心靶基因进行预测.结果 与结论:①类风湿关节炎相关的蛋白网络互作核心靶基因涉及CDC20,GNB3,QSOX1和与趋化因子相关的12个基因;②基因本体论分析显示上调的基因与免疫炎症关系更为密切;③基因通路富集分析显示类风湿关节炎免疫调节与趋化因子信号通路、白细胞介素17相关通路以及核转录因子κB通路密切相关;④对免疫细胞的浸润矩阵分析结果表

作者:沈浮;邝高艳;杨卓;文猛;朱恺民;余桂枝;徐无忌;邓博

来源:中国组织工程研究 2021 年 25卷 14期

知识库介绍

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作者:
沈浮;邝高艳;杨卓;文猛;朱恺民;余桂枝;徐无忌;邓博
来源:
中国组织工程研究 2021 年 25卷 14期
标签:
类风湿关节炎 免疫浸润 GEO基因芯片数据库 生物信息学 CIBERSORT反卷法 中药预测 信号通路 机制研究
背景:类风湿关节炎的发病机制目前尚不完全明确,免疫失衡是类风湿关节炎发病的重要环节,而免疫浸润在类风湿关节炎中的相关调控机制的研究较少.目的:利用GEO基因芯片数据库,对类风湿关节炎基因探针芯片数据进行通路富集和免疫浸润分析,并对类风湿关节炎免疫调节相关生物学过程进行中药预测,为深入了解类风湿关节炎的免疫相关机制及中药干预免疫调节提供理论依据.方法:检索类风湿关节炎滑膜组织相关基因探针的GEO基因芯片数据库,并以正常滑膜组织作为对照,利用STRING数据库对差异基因进行蛋白网络互作分析,并筛选出核心靶基因;运用R语言及相关安装包程序对类风湿关节炎差异基因进行基因本体论(GO)及基因通路富集分析(KEGG);通过CIBERSORT反卷法对22类免疫细胞在类风湿关节炎组及对照组的含量及比例进行分析;利用COREMINE数据库对显著富集的免疫相关的生物学过程及核心靶基因进行预测.结果 与结论:①类风湿关节炎相关的蛋白网络互作核心靶基因涉及CDC20,GNB3,QSOX1和与趋化因子相关的12个基因;②基因本体论分析显示上调的基因与免疫炎症关系更为密切;③基因通路富集分析显示类风湿关节炎免疫调节与趋化因子信号通路、白细胞介素17相关通路以及核转录因子κB通路密切相关;④对免疫细胞的浸润矩阵分析结果表