CRISPR (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)是近几年发现的一种广泛存在于细菌和古菌中，能够应对外源DNA干扰(噬菌体、病毒、质粒等)，并提供免疫机制的重复序列结构。CRISPR系统通常由同向重复序列、前导序列、间隔序列和CRISPR相关蛋白组成。本研究以醋酸发酵中常见3个属醋杆菌属(Acetobacter)、葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)和葡糖杆菌属(Gluconobacter)的48个菌株为研究对象，通过其基因组上CRISPR相关基因序列的生物信息学分析，探索CRISPR位点在醋酸菌中的多态性及其进化模式。结果表明48株醋酸菌中有32株存在CRISPR结构，大部分CRISPR-Cas结构属于type I-E和type I-C类型。除了葡糖杆菌属外，葡糖醋杆菌属和醋杆菌属中的部分菌株含有 II 类的 CRISPR-Cas 系统结构(CRISPR-Cas9)。来自不同属菌株的CRISPR结构中重复序列具有较强的保守性，而且部分菌株CRISPR结构中的前导序列具有保守的motif (与基因的转录调控有关)及启动子序列。进化树分析表明cas1适合用于醋酸菌株的分类，而不同菌株间 cas1基因的进化与重复序列的保守性相关，预示它们可能受相似的功能选择压力。此外，间隔序列的数量与噬菌体数量及插入序列(Insertion sequence, IS)数量有正相关的趋势，说明
作者：夏凯；梁新乐；李余动
来源：遗传 2015 年 12期
