WRKY 基因家族编码产物是一类含有 WRKY 保守结构域的转录因子(Transcription factors, TFs),在植物的生长发育、胁迫应答等过程中起着重要的作用。目前,已在多种植物中鉴定了 WRKY 基因家族,但在普通烟草(Nicotiana tabacum L.)中 WRKY 家族的系统鉴定与分析还未见报道。本研究利用 WRKY 保守域全蛋白序列 PF03106检索普通烟草蛋白序列,获得 WRKY 家族候选序列共164个。利用多种生物信息学软件对该家族成员进行了系统进化树、保守结构域、亚细胞定位预测、染色体定位和组织表达等分析。分组鉴定和进化树分析结果显示,可将164个候选 NtWRKY 蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个亚家族。其中,Ⅱ亚家族又可细分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d 和Ⅱ-e 共5个亚组。WRKY 结构域分析结果显示,多数基因由2~5个外显子组成,各成员间的核心结构域高度保守,含有 WRKY 盒和锌指结构。亚细胞定位预测结果显示,大部分 NtWRKY 成员都定位在细胞核中,参与核基因的转录调控;而第Ⅲ亚家族的大部分成员(74
作者:向小华;吴新儒;晁江涛;杨明磊;杨帆;陈果;刘贯山;王元英
来源:遗传 2016 年 38卷 9期