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目的 通过生物信息学、网络药理学和分子对接技术研究通关藤治疗肝细胞癌(HCC)的作用机制.方法 通过文献检索和ADME平台筛选通关藤活性成分并利用Swiss Target Prediction预测化合物的作用靶点;从GEO数据库获得HCC数据芯片GSE147888并筛选表达差异显著基因;通过Genecards和OMIM数据库获得HCC疾病相关靶点;Venny在线对上述靶点取交集.利用Cytoscape软件和String数据库构建药物成分-靶点网络图和PPI网络图;利用R软件进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用GEPIA数据库对靶基因进行生存分析,筛选在HCC生存率中显著差异表达的基因,并用Proteinatlas数据库分析基因在HCC组织中免疫组化表达情况;将排名前 5的靶蛋白与对应药物活性成分进行分子对接验证.结果 共筛选通关藤活性成分 50个,药物与疾病交集靶基因 12个.通关藤治疗HCC的重要成分有野黄芩素四甲醚、通关苷元、芥子酸、苦绳苷元、山奈酚等,关键基因有JUN、MMP9、PTGS2等.GO、KEGG分析结果显示,关键靶点主要涉及基因沉默调节、炎症反应调节等过程,主要富集在IL-17、TNF等信号通路.生存分析显示ESR1、MMP1、MMP9、JUN、PPARG在高低风险组之间有显著差异.免疫组化结果显示ESR1和MMP9在正常组织和肝癌组织中差异表达.分子对接结果验证了药物活性成分与

作者:董雨龙;娄成;陈熙昀;魏炜;陶晨洁;韩琴;袁振刚

来源:药学实践与服务 2023 年 41卷 10期

知识库介绍

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作者:
董雨龙;娄成;陈熙昀;魏炜;陶晨洁;韩琴;袁振刚
来源:
药学实践与服务 2023 年 41卷 10期
标签:
通关藤 肝细胞癌 生物信息学 网络药理学 分子对接 Marsdenia tenacissima hepatocellular carcinoma bioinformatics network pharmacology molecular docking technology
目的 通过生物信息学、网络药理学和分子对接技术研究通关藤治疗肝细胞癌(HCC)的作用机制.方法 通过文献检索和ADME平台筛选通关藤活性成分并利用Swiss Target Prediction预测化合物的作用靶点;从GEO数据库获得HCC数据芯片GSE147888并筛选表达差异显著基因;通过Genecards和OMIM数据库获得HCC疾病相关靶点;Venny在线对上述靶点取交集.利用Cytoscape软件和String数据库构建药物成分-靶点网络图和PPI网络图;利用R软件进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用GEPIA数据库对靶基因进行生存分析,筛选在HCC生存率中显著差异表达的基因,并用Proteinatlas数据库分析基因在HCC组织中免疫组化表达情况;将排名前 5的靶蛋白与对应药物活性成分进行分子对接验证.结果 共筛选通关藤活性成分 50个,药物与疾病交集靶基因 12个.通关藤治疗HCC的重要成分有野黄芩素四甲醚、通关苷元、芥子酸、苦绳苷元、山奈酚等,关键基因有JUN、MMP9、PTGS2等.GO、KEGG分析结果显示,关键靶点主要涉及基因沉默调节、炎症反应调节等过程,主要富集在IL-17、TNF等信号通路.生存分析显示ESR1、MMP1、MMP9、JUN、PPARG在高低风险组之间有显著差异.免疫组化结果显示ESR1和MMP9在正常组织和肝癌组织中差异表达.分子对接结果验证了药物活性成分与