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目的 运用生物信息学和网络药理学方法挖掘黄芪-山药药对治疗 2 型糖尿病的微小RNA(miRNA)-mRNA转录网络,探讨其作用机制.方法 通过GEO数据库挖掘 2 型糖尿病miRNA和mRNA芯片集,并通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘黄芪-山药药对活性成分及预测靶点,使用R语言及Perl软件筛选黄芪-山药药对治疗2 型糖尿病的关键miRNAs及mRNAs,借助 Cytoscape3.8.2 软件与 STRING数据库构建活性成分-靶点网络、miRNA-mRNA转录网络及蛋白互作(PPI)网络,并进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并借助cytoNCA完成PPI网络的拓扑分析.结果 2 型糖尿病中存在64 个差异miRNA和6 143 个差异mRNA构成的605 组miRNA-mRNA互作关系;黄芪-山药药对存在 56 个有效成分和 538 个药物靶点,如PGR、PTGS1、AR、SCN5A、NCOA2 等.2 型糖尿病-miRNA-mRNA-有效成分-中药调控网络图得到miR-1307-3p-PTPN1、miR-1307-3p-SCN5A、miR-1307-3p-BCL2、miR-1307-3p-CHEK2、miR-1307-3p-E2F2、miR-1307-3p-IL10RB、miR-1307-3p-IRF1、miR-1307-3p-MAPK1、miR-491-5p-PTGS 1 共 9 条 miRNA-mRNA相互关系.PTPN1、SCN5A、BCL2、CHEK2、E2F2、IL10RB、IRF1、MAPK1、PTGS1 共 9 个靶点作为miRNA调控黄芪-山药药对治

作者:李敏;陈浩雄;黄佳纯;朱根福

来源:中国老年学杂志 2023 年 43卷 20期

知识库介绍

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作者:
李敏;陈浩雄;黄佳纯;朱根福
来源:
中国老年学杂志 2023 年 43卷 20期
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2型糖尿病 miRNA-mRNA 黄芪-山药药对 生物信息学 GEO数据库
目的 运用生物信息学和网络药理学方法挖掘黄芪-山药药对治疗 2 型糖尿病的微小RNA(miRNA)-mRNA转录网络,探讨其作用机制.方法 通过GEO数据库挖掘 2 型糖尿病miRNA和mRNA芯片集,并通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘黄芪-山药药对活性成分及预测靶点,使用R语言及Perl软件筛选黄芪-山药药对治疗2 型糖尿病的关键miRNAs及mRNAs,借助 Cytoscape3.8.2 软件与 STRING数据库构建活性成分-靶点网络、miRNA-mRNA转录网络及蛋白互作(PPI)网络,并进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并借助cytoNCA完成PPI网络的拓扑分析.结果 2 型糖尿病中存在64 个差异miRNA和6 143 个差异mRNA构成的605 组miRNA-mRNA互作关系;黄芪-山药药对存在 56 个有效成分和 538 个药物靶点,如PGR、PTGS1、AR、SCN5A、NCOA2 等.2 型糖尿病-miRNA-mRNA-有效成分-中药调控网络图得到miR-1307-3p-PTPN1、miR-1307-3p-SCN5A、miR-1307-3p-BCL2、miR-1307-3p-CHEK2、miR-1307-3p-E2F2、miR-1307-3p-IL10RB、miR-1307-3p-IRF1、miR-1307-3p-MAPK1、miR-491-5p-PTGS 1 共 9 条 miRNA-mRNA相互关系.PTPN1、SCN5A、BCL2、CHEK2、E2F2、IL10RB、IRF1、MAPK1、PTGS1 共 9 个靶点作为miRNA调控黄芪-山药药对治