背景与目的:肝脏缺血-再灌注(I/R)损伤是肝移植和肝切除手术过程中常涉及的共同病理生理变化.竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络可参与多种疾病的发生发展.然而ceRNA网络在肝脏I/R损伤中的功能仅有少量报道.本研究旨在应用生物信息学方法构建与肝脏I/R损伤相关的ceRNA网络,同时基于差异表达基因筛选潜在治疗药物.方法:从GEO数据库获取肝脏I/R损伤的mRNA及miRNA表达芯片数据.使用R语言中的limma包进行基因差异表达分析,并使用ggplot2包进行散点图、火山图和热图绘制.使用String数据库及Cytoscape软件进行蛋白互作(PPI)网络构建.利用Metascape数据库对筛选出的差异mRNA进行GO/KEGG功能富集分析.通过转录调控网络数据库分析可能调控这些差异基因的转录因子.使用miRTarBase数据库构建miRNA-差异表达基因网络.通过starBase:ceRNA数据库构建ceRNA网络.使用比较毒物基因组学数据库(CTD)筛选对关键差异基因表达具有潜在作用的天然药物.结果:从GEO数据库获得2个肝脏I/R损伤mRNA数据集(GSE10654和GSE117066)和1个肝脏I/R损伤miRNA数据集(GSE72315).通过limma包及Venn图分析mRNA表达数据集,筛选到16个在I/R组上调表达,在缺血后适应(IPO)组下调表达的基因;7个在I/R组下调表达,在IPO组上调表达的基因.GO/KEGG功能富集分
作者：邓家琦；钱保林；张丽云；况容；李明星
来源：中国普通外科杂志 2021 年 30卷 7期
