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目的:探索RA滑膜病变中的免疫浸润细胞,为RA的机制及治疗研究提供新的研究方向及治疗靶点。方法:从基因表达综合数据库(GEO)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)下载GSE77298、GSE55457和GSE1919三个基因表达数据集,Perl进行数据合并,R的"limma"进行批次矫正。在R中用"CIBERSORT"软件通过"e1071""parallel"和"preprocessCore"3个包获得22种免疫细胞对应RA滑膜组织样本和正常滑膜组织样本的表达矩阵。Perl筛选免疫细胞矩阵中 P<0.05的样本。R的"barplot"函数分析22种免疫细胞在 P<0.05的样本中的含量百分比。R的"pheatmap"包可视化热图,R的"corrplot"包绘制相关性热图。R的"vioplot"包通过wilcox检验绘制差异小提琴图。 结果:免疫细胞浸润分析结果表明,在 P<0.05的RA滑膜组织样本和正常滑膜组织样本中,初始B细胞和未活化的自然杀伤细胞在RA滑膜组织中低表达,浆细胞、未活化的肥大细胞、M1巨噬细胞、记忆性B细胞和调节性T细胞在RA滑膜组织中高表达。研究还发现在同一样本中,活化的自然杀伤细胞与中性粒细胞的相关系数( r=0.91)最高,呈正相关,两者具有协同效应。在同一样本中,M0巨噬细胞和浆细胞的相关系数( r=-0.88)最低,呈负相关,两者具有拮抗作

作者:杨明义;苏亚妮;许珂;郑海石;依日夏提·艾海提;蔡永松;万贤杰;马宇杰;许鹏

来源:中华风湿病学杂志 2022 年 26卷 6期

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作者:
杨明义;苏亚妮;许珂;郑海石;依日夏提·艾海提;蔡永松;万贤杰;马宇杰;许鹏
来源:
中华风湿病学杂志 2022 年 26卷 6期
标签:
关节炎,类风湿 滑膜 免疫 细胞 Arthritis, rheumatoid Synovial membrane Immunity Cells
目的:探索RA滑膜病变中的免疫浸润细胞,为RA的机制及治疗研究提供新的研究方向及治疗靶点。方法:从基因表达综合数据库(GEO)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)下载GSE77298、GSE55457和GSE1919三个基因表达数据集,Perl进行数据合并,R的"limma"进行批次矫正。在R中用"CIBERSORT"软件通过"e1071""parallel"和"preprocessCore"3个包获得22种免疫细胞对应RA滑膜组织样本和正常滑膜组织样本的表达矩阵。Perl筛选免疫细胞矩阵中 P<0.05的样本。R的"barplot"函数分析22种免疫细胞在 P<0.05的样本中的含量百分比。R的"pheatmap"包可视化热图,R的"corrplot"包绘制相关性热图。R的"vioplot"包通过wilcox检验绘制差异小提琴图。 结果:免疫细胞浸润分析结果表明,在 P<0.05的RA滑膜组织样本和正常滑膜组织样本中,初始B细胞和未活化的自然杀伤细胞在RA滑膜组织中低表达,浆细胞、未活化的肥大细胞、M1巨噬细胞、记忆性B细胞和调节性T细胞在RA滑膜组织中高表达。研究还发现在同一样本中,活化的自然杀伤细胞与中性粒细胞的相关系数( r=0.91)最高,呈正相关,两者具有协同效应。在同一样本中,M0巨噬细胞和浆细胞的相关系数( r=-0.88)最低,呈负相关,两者具有拮抗作