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目的 分析微小RNA-29a (miR-29a)在肺结核患者血清中的表达,并对miR-29a的靶基因进行功能预测分析,为深入研究miR-29a与结核病感染调控机制的关系及其生物学功能奠定基础.方法 病例组为未经治疗的活动性肺结核患者65例,对照组为健康志愿者45例,清晨空腹抽取静脉血,分离血清.用TRIzol试剂获取血清中总RNA,对RNA样本进一步纯化,通过紫外分光光度计和凝胶电泳检测RNA提取质量.用核酸杂交和荧光定量PCR检测miR-29a在血清中的表达.运用TargetScan与PicTar软件综合预测miR-29a的靶基因,取两者的交集作为靶基因.采用DAVID数据库对miR-29a预测的靶基因集合进行基因本体论(GO)注释描述分类,并分别提取GO的3类注释信息.采用网络调控分析软件Cytoscape中的插件BINGO进行GO注释的显著性分析.对靶基因集合进行生物通路富集分析.结果 核酸杂交结果表明,病例组血清中miR-29a表达(854±93)显著高于对照组(80±22),差异有统计学意义(t=3.541,P<0.05).荧光定量PCR结果表明,病例组血清中miR-29a表达(1.35±0.62)显著高于对照组(0.18±0.07),差异有统计学意义(t=2.987,P<0.05).预测miR-29a的靶基因集合分别富集在转录调控等生物学过程、金属离子结合活性等分子功能及细胞外基质等细胞组分;miR-29a的靶基因集合显著富集于KE

作者:付玉荣;伊正君;李建花;高昆山

来源:中华结核和呼吸杂志 2013 年 36卷 3期

知识库介绍

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作者:
付玉荣;伊正君;李建花;高昆山
来源:
中华结核和呼吸杂志 2013 年 36卷 3期
标签:
结核,肺 微RNAs 靶基因修复 计算生物学 Tuberculosis,pulmonary MicroRNAs Targeted gene repair Computational biology
目的 分析微小RNA-29a (miR-29a)在肺结核患者血清中的表达,并对miR-29a的靶基因进行功能预测分析,为深入研究miR-29a与结核病感染调控机制的关系及其生物学功能奠定基础.方法 病例组为未经治疗的活动性肺结核患者65例,对照组为健康志愿者45例,清晨空腹抽取静脉血,分离血清.用TRIzol试剂获取血清中总RNA,对RNA样本进一步纯化,通过紫外分光光度计和凝胶电泳检测RNA提取质量.用核酸杂交和荧光定量PCR检测miR-29a在血清中的表达.运用TargetScan与PicTar软件综合预测miR-29a的靶基因,取两者的交集作为靶基因.采用DAVID数据库对miR-29a预测的靶基因集合进行基因本体论(GO)注释描述分类,并分别提取GO的3类注释信息.采用网络调控分析软件Cytoscape中的插件BINGO进行GO注释的显著性分析.对靶基因集合进行生物通路富集分析.结果 核酸杂交结果表明,病例组血清中miR-29a表达(854±93)显著高于对照组(80±22),差异有统计学意义(t=3.541,P<0.05).荧光定量PCR结果表明,病例组血清中miR-29a表达(1.35±0.62)显著高于对照组(0.18±0.07),差异有统计学意义(t=2.987,P<0.05).预测miR-29a的靶基因集合分别富集在转录调控等生物学过程、金属离子结合活性等分子功能及细胞外基质等细胞组分;miR-29a的靶基因集合显著富集于KE