青海省一株柯萨奇病毒B5分离株全基因组分析-临床诊疗知识库

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作者：

杨明煦；范丽霞；饶华祥；于娟

来源：

中华实验和临床病毒学杂志 2021 年 35卷 4期

标签：

柯萨奇病毒B组5型病毒全基因组进化分析重组分析 Coxsackievirus B5 Whole genome Phylogenetic analysis Recombination analysis

目的:对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析。方法:采用二代高通量测序对QH/CVB5/2 018分离株进行全基因组序列测定，利用SPAdes、DNAStar 7.1、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1以及RDP4软件对病毒进行全基因组序列拼接以及遗传进化、基因重组和氨基酸突变分析。结果:QH/CVB5/2018全基因组核苷酸序列长度为7 369 bp，编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白。基于基因组的序列同源性和系统进化分析，显示QH/CVB5/2018与417/JS/CHN/2013同源性最高，核苷酸序列一致性为96.9

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