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目的:探讨可诱导神经生长因子(VGF)过表达在进展期前列腺癌(PCa)患者组织中的作用及其可能的分子生物学机制。方法:应用肿瘤基因组图谱(TCGA)和GEO数据库下载PCa中VGF芯片数据进行分析;根据不同的临床病理参数评估VGF在PCa患者中的表达和甲基化水平;TCGA和GSE21032数据库下载VGF芯片数据并用Kaplan-Meier生存曲线分析其与PCa患者生存期的相关性;应用David及京都基金及基因组百科全书(KEGG)通路富集分析VGF在PCa中的作用机制,并用String系统构建PPI网络,应用Mcode plugin分析识别关键模块;PROMO系统预测VGF的潜在转录因子并进行回归分析。采用 t检验。 结果:分析发现VGF mRNA在PCa中的表达上调,在GSE55945数据库中,PCa与正常组织中VGF相对表达水平分别为29.8、24.5 ( t=7.612, P<0.05),TCGA数据库中PCa与正常组织中VGF相对表达水平分别为25.5、15.6( t=4.712, P<0.05),而且VGF表达与其甲基化水平呈显著负相关;VGF在晚期PCa中明显高表达,其甲基化水平在晚期PCa中明显降低;分析显示VGF低表达PCa患者无进展生存期明显延长,VGF低甲基化患者无进展生存期明显缩短;分析显示VGF在PCa中通过GnRH、RIG-I样受体和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等多种途径发挥调控

作者:张小飞;胡建鹏;薛博;徐旭;万远烨;吕玉梅;崔飞伦

来源:中华实验外科杂志 2020 年 37卷 8期

知识库介绍

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作者:
张小飞;胡建鹏;薛博;徐旭;万远烨;吕玉梅;崔飞伦
来源:
中华实验外科杂志 2020 年 37卷 8期
标签:
前列腺癌 神经生长因子 生存期 生物信息学分析 生物标志物 Prostate cancer Nerve growth factor inducible Survival time Bioinformatics analysis Biomarker
目的:探讨可诱导神经生长因子(VGF)过表达在进展期前列腺癌(PCa)患者组织中的作用及其可能的分子生物学机制。方法:应用肿瘤基因组图谱(TCGA)和GEO数据库下载PCa中VGF芯片数据进行分析;根据不同的临床病理参数评估VGF在PCa患者中的表达和甲基化水平;TCGA和GSE21032数据库下载VGF芯片数据并用Kaplan-Meier生存曲线分析其与PCa患者生存期的相关性;应用David及京都基金及基因组百科全书(KEGG)通路富集分析VGF在PCa中的作用机制,并用String系统构建PPI网络,应用Mcode plugin分析识别关键模块;PROMO系统预测VGF的潜在转录因子并进行回归分析。采用 t检验。 结果:分析发现VGF mRNA在PCa中的表达上调,在GSE55945数据库中,PCa与正常组织中VGF相对表达水平分别为29.8、24.5 ( t=7.612, P<0.05),TCGA数据库中PCa与正常组织中VGF相对表达水平分别为25.5、15.6( t=4.712, P<0.05),而且VGF表达与其甲基化水平呈显著负相关;VGF在晚期PCa中明显高表达,其甲基化水平在晚期PCa中明显降低;分析显示VGF低表达PCa患者无进展生存期明显延长,VGF低甲基化患者无进展生存期明显缩短;分析显示VGF在PCa中通过GnRH、RIG-I样受体和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等多种途径发挥调控