推算全球各地近年来分离的甲型H1N1流行性感冒(简称流感)病毒株血凝素(HA)蛋白片段的进化速率和进化分歧时间,从而初步探索流感病毒的起源和传播关系.方法搜集GenBank数据库中2008年以来登录的全球流感病毒H1序列共344条(人源性248条,猪源性84条,禽源性11条,其他1条)及本课题组分离的7条人源性H1序列,按照"分子钟"进化理论和基于markov chain monte carlo(MCMC)算法的Bayesian推断方法估算进化速率和进化分歧时间,并利用后验概率方法构建系统进化树.结果 系统进化树显示,美国人源性、猪源性与禽源性H1序列与部分亚洲猪源性H1序列构成一个主要分支(美国分支);全球其他地区的人源性H1序列构成另一个主要分支(欧亚人分支);而部分中国猪源性、禽源性H1序列与意大利分离的禽源性序列也构成一个分支(欧亚动物分支).全球H1N1和H1N2流感病毒株H1序列930 bp核苷酸序列的年平均进化速率约为2.57×10-3/位点(95
作者：陆一涵；居丽雯；蒋露芳；杨吉星；施强；姜庆五
来源：中华预防医学杂志 2009 年 43卷 7期
