目的 基于生物信息学的方法,筛选结直肠癌辐射抗性细胞中的差异表达基因,从分子水平上初步探讨与结直肠癌抗辐射相关的潜在基因.方法 从基因芯片公共数据库(GEO)中下载耐辐射的结直肠癌细胞基因表达谱数据(GSE43206),并利用R语言中的limma包进行差异基因筛选.对差异基因中的编码基因分别进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析以及蛋白相互作用(PPI)分析,进一步筛选出PPI网络中的关键基因.通过实时荧光定量PCR实验确定5 Gyγ射线照射后人结肠癌HCT116细胞中关键基因的mRNA相对表达水平.采用Student t-test检验进行统计学分析,P＜O.05表示差异有统计学意义.结果 共筛选出101个差异基因,包含67个上调基因,34个下调基因.GO富集分析发现这些差异基因在细胞迁移、DNA复制等生物学过程中富集.KEGG通路分析证实这些差异基因主要富集在乏氧诱导因子1信号通路.通过构建PPI网络,筛选出NDRG1、PA G1、LRP1、PIM1、LDLR和PLA UR共6个与结直肠癌抗辐射相关的潜在基因.实时荧光定量PCR实验结果显示,与照射前比较,照射后人结肠癌HCT116细胞中NDRG1、PAG1、LRP1、PIM1、LDLR和PLA UR关键基因的mRNA表达量显著上升,差异均有统计学意义(t=49.981,P＜0.01;t=26.420、28.698、21.358、23.545,均
作者：朱长春；冯国兴；董佳丽；姜勉；贺俊博；樊赛军
来源：国际放射医学核医学杂志 2018 年 42卷 4期
