目的:运用生物信息学方法筛选宫颈癌(CC)枢纽基因,并挖掘CC预后分析的潜在分子标志.方法:选取基因表达数据库(GEO)中CC表达数据集,利用R语言中的软件包筛选CC组织与正常宫颈组织中存在的差异表达基因(DEGs);并进行基因本体(GO)分析、基因组百科全书(KEGG)通路分析、蛋白质相互作用(PPI)网络构建、Cytoscape软件寻找枢纽基因、The Kaplan Meier plotter网站绘制枢纽基因生存曲线图,采用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库的UALCAN在线数据库验证CC患者枢纽基因的表达,采用人类蛋白质图谱(HPA)数据库分析相关蛋白的免疫组织化学结果.结果:鉴定219个上调基因和182个下调基因,KEGG通路分析结果显示差异表达基因主要富集在细胞周期、DNA复制、卵母细胞减数分裂、p53信号通路及花生四烯酸代谢等通路;筛选出的枢纽基因CDK1、KIF11、CCNB1、CDC45及CXCL8在CC中表达上调(P<0.05),并与CC患者总体生存率(OS)相关(P<0.05),同时在TCGA数据库中枢纽基因的表达趋势与GEO数据库中相同(P<0.01),免疫组织化学法结果显示CXCL8未被检测到,CDK1、KIF11、CCNB1及CDC45在CC组织中表达高于正常宫颈组织.结论:筛选出CDK1、KIF11、CCNB1、CDC45及CXCL8等5个CC枢纽基因,其表达与CC的预后相关.
作者：许修颖；龚荣府；杨娉娉；方文
来源：贵州医科大学学报 2020 年 45卷 12期
