目的:应用生物信息学方法筛选睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)预后相关的枢纽基因,为TGCT的预后评估和药物治疗提供新的生物标志物.方法:从GEO数据库下载GSE3218、GSE1818数据集,通过R语言limma程序包和韦恩图筛选差异表达基因(DEGs);利用DAVID数据库对DEGs进行GO、KEGG富集分析;通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选出前10个枢纽基因,使用miRTarBase数据库预测枢纽基因可能的上游miRNA;使用UALCAN筛选出预后相关的枢纽基因,并分别通过GEPIA和HPA数据库验证其基因表达水平和蛋白质表达水平;分别采用TIMER和DGIdb数据库对预后相关枢纽基因进行免疫浸润分析和药物-基因相互作用分析;从TCGA数据库中整合TGCT患者的临床数据和预后相关枢纽基因的表达水平,通过R语言rms程序包构建列线图.结果:共鉴定出10个枢纽基因(FN1、CDH1、MMP9、CCL2、CCNB2、PRM2、TNP1、CXCR4、CDK4、CDKN3),预测出12个miRNA为枢纽基因的潜在上游miRNA;发现MMP9和CCL2的高表达与较低的总生存率、免疫细胞浸润有关,其与多种药物相互作用密切.结论:MMP9和CCL2可能是潜在的TGCT预后生物标志物和药物的基因靶点.
作者：唐乐婷；曹卜子；于浩
来源：湖南师范大学学报（医学版） 2022 年 19卷 3期
