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目的 探讨皮肌炎(DM)可能的发病机制、潜在治疗靶点及药物.方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载符合筛选标准的健康人群和DM患者的芯片信息.利用R语言相关软件包筛选差异表达基因(DEGs);分析DEGs的基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集情况.利用STRING在线数据库及Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,并筛选出关键基因加以验证.基于CIBERSORT算法分析免疫细胞浸润情况,分析核心基因表达量与免疫细胞丰度的相关性.利用DREIMT在线分析工具和Coremine Medical数据库预测潜在治疗DM疾病的药物.结果 与健康人群相比,DM患者肌肉组织中上调的DEGs为402个,下调的DEGs为150个,皮肤组织中上调的DEGs为686个,下调的DEGs为284个,肌肉和皮肤共有的DEGs为170个.GO、KEGG富集分析结果显示,上述DEGs主要富集于固有免疫应答、对病毒的防御反应、细胞质、细胞质膜等条目,富集于新型冠状病毒感染疾病、甲型流感、麻疹、丙型肝炎等通路.共筛选出10个核心基因,分别为STAT1、MX1、IFIT3、OAS2、IFI35、RSAD2、IFIT1、OAS1、ISG15和IRF7e22种免疫细胞浸润中,浆细胞浸润在肌肉组织中占主导地位,而M2巨噬细胞在皮肤组织中大量渗透.核心基因分析分别预测出排名前10的小分子化学药物和9种中药.结论 本研究利

作者:郑超越;张升校;贺培凤;于琦;程灵婧;冯爽;孔腾;孙翔飞

来源:实用临床医药杂志 2023 年 27卷 15期

知识库介绍

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作者:
郑超越;张升校;贺培凤;于琦;程灵婧;冯爽;孔腾;孙翔飞
来源:
实用临床医药杂志 2023 年 27卷 15期
标签:
皮肌炎 肌肉 皮肤 差异表达基因 关键基因 生物信息学 dermatomyositis muscle skin differential expression genes hub genes bioin-formatics
目的 探讨皮肌炎(DM)可能的发病机制、潜在治疗靶点及药物.方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载符合筛选标准的健康人群和DM患者的芯片信息.利用R语言相关软件包筛选差异表达基因(DEGs);分析DEGs的基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集情况.利用STRING在线数据库及Cytoscape软件构建蛋白质互作网络,并筛选出关键基因加以验证.基于CIBERSORT算法分析免疫细胞浸润情况,分析核心基因表达量与免疫细胞丰度的相关性.利用DREIMT在线分析工具和Coremine Medical数据库预测潜在治疗DM疾病的药物.结果 与健康人群相比,DM患者肌肉组织中上调的DEGs为402个,下调的DEGs为150个,皮肤组织中上调的DEGs为686个,下调的DEGs为284个,肌肉和皮肤共有的DEGs为170个.GO、KEGG富集分析结果显示,上述DEGs主要富集于固有免疫应答、对病毒的防御反应、细胞质、细胞质膜等条目,富集于新型冠状病毒感染疾病、甲型流感、麻疹、丙型肝炎等通路.共筛选出10个核心基因,分别为STAT1、MX1、IFIT3、OAS2、IFI35、RSAD2、IFIT1、OAS1、ISG15和IRF7e22种免疫细胞浸润中,浆细胞浸润在肌肉组织中占主导地位,而M2巨噬细胞在皮肤组织中大量渗透.核心基因分析分别预测出排名前10的小分子化学药物和9种中药.结论 本研究利