目的 运用生物信息学方法筛选与胃癌发病相关的核心基因,并分析其生物学功能.方法 ①胃癌患者癌组织及健康成人胃组织中表达上调的低甲基化基因、表达上调的低甲基化(致)癌基因、表达下调的高甲基化基因及表达下调的高甲基化抑癌基因筛选:从基因表达综合数据库中提取基因表达微阵列GSE118916、基因甲基化微阵列GSE25869.通过limma软件包和维恩图筛选胃癌患者及健康成年患者胃组织的差异表达基因和差异表达甲基化基因.从癌基因数据库和肿瘤抑制基因数据库中筛选胃癌的致癌基因和抑癌基因,绘制Venn图筛选得到表达上调的低甲基化基因、表达上调的低甲基化(致)癌基因、表达下调的高甲基化基因及表达下调的高甲基化抑癌基因.②胃癌患者癌组织表达上调的低甲基化基因、表达下调的高甲基化基因的主要基因筛选及生物学功能分析:采用DAVID数据库对表达上调的低甲基化基因、表达下调的高甲基化基因进行基因本体论(GO)分析和基因组百科全书(KEEG)通路富集分析.并导入String数据库,构建蛋白质—蛋白质相互作用网络图,分析蛋白质网络相互作用的主要基因.③胃癌发病的核心基因筛选及验证:采用GEPIA、Oncomine、HPA和cBioPortal数据库从表达上调的低甲基化基因、表达上调的低甲基化(致)癌基因、表达下调的高甲基化基因及
作者：宋思源；温芳；黄雯洁；陈晓雪；阮帅；顾苏平；顾培杏；周佳钰；李烨；刘佳彤；舒鹏
来源：山东医药 2021 年 61卷 30期
