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[目的]ε-聚赖氨酸的合成由ε-聚赖氨酸合成酶(Pls)所控制,考察Pls在细菌中的分布和保守的序列特征.[方法]基于Pls的作用机制,在蛋白序列中识别与底物结合和缩合相关的结构域,以及决定底物特异性的氨基酸残基,进而在已测序基因组中预测Pls.[结果]发现110个已测序的基因组中编码113个预测的Pls,主要分布在放线菌中,也在两株革兰氏阴性菌中被发现.一些亲缘性较高菌株的Pls一致性较高.[结论]Pls在放线菌中可能广泛分布.Pls的腺苷化、巯基化和底物缩合结构域有相对较高的序列保守性,而跨膜结构域和Linker区相对不保守.

作者:王静;谭之磊;毕德玺;贾士儒;欧竑宇

来源:微生物学通报 2015 年 42卷 12期

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作者:
王静;谭之磊;毕德玺;贾士儒;欧竑宇
来源:
微生物学通报 2015 年 42卷 12期
标签:
ε-聚赖氨酸 ε-聚赖氨酸合成酶 生物信息学识别 ε-poly-L-lysine ε-poly-L-lysine synthetase In silico identification
[目的]ε-聚赖氨酸的合成由ε-聚赖氨酸合成酶(Pls)所控制,考察Pls在细菌中的分布和保守的序列特征.[方法]基于Pls的作用机制,在蛋白序列中识别与底物结合和缩合相关的结构域,以及决定底物特异性的氨基酸残基,进而在已测序基因组中预测Pls.[结果]发现110个已测序的基因组中编码113个预测的Pls,主要分布在放线菌中,也在两株革兰氏阴性菌中被发现.一些亲缘性较高菌株的Pls一致性较高.[结论]Pls在放线菌中可能广泛分布.Pls的腺苷化、巯基化和底物缩合结构域有相对较高的序列保守性,而跨膜结构域和Linker区相对不保守.