目的:对激素性股骨头坏死(SIONFH)患者外周血清中的基因芯片数据进行生物信息学分析,探究SIONFH发生的分子机制.方法:通过基因表达综合数据库(GEO)获取SIONFH患者与非SIONFH患者外周血清中的基因表达谱.通过R软件、Perl语言,借助5个疾病相关数据库、基因本体论、基因/蛋白质相互作用关系检索工具、Cytoscape分析软件及DAVID等数据库和分析工具,进行差异表达基因(DEGs)鉴定、功能注释和富集分析,并计算SIONFH患者外周血清中免疫细胞之间的关系.结果:从GEO数据库中下载基因表达序列GSE123568,包括30例SIONFH患者和10例非SIONFH患者.SIONFH组与非SIONFH组比较的外周血清的基因本体论(GO)富集分析中,上调的DEGs在生物学过程中主要富集在免疫反应、细胞防御反应、模式识别受体信号通路、神经炎症反应等方面;在细胞组分中主要富集在分泌颗粒膜、质膜外侧和内溶酶体等方面;在分子功能中主要富集在模式识别受体活性、趋化因子受体活性、免疫受体活性等方面.下调的DEGs在生物学过程中主要富集在组蛋白修饰、共价染色质修饰、肽基赖氨酸修饰和RNA剪接等方面;在细胞组分中主要富集在核斑点、中心粒和前核糖体等方面;在分子功能中主要富集在组蛋白结合、丝氨酸/苏氨酸激酶活性和转录共调节活性等方面.免疫细胞浸润结
作者:葛彦志;黄培洁;瞿杭波;陈佳烨;陈祖祥;陈文娴;夏清馨;童培建
来源:中华骨与关节外科杂志 2022 年 15卷 6期