目的 通过生物信息学方法预测在m6A去甲基化酶FTO敲低处理后,存在m6A修饰并显著下调的miRNA(hsa-miR-22-3p和hsa-miR-671-5p)的靶标基因,并分析它们与癌症患者生存率的相关性.方法 利用在线数据库寻找目标miRNAs的靶基因,并通过基因功能(gene ontology,GO)和信号通路数据库(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对这些靶基因的分子功能(molecular function,MF)、生物过程(biological processes,BP)、细胞组分(cell component,CC)定位以及参与的信号通路进行分析;通过蛋白质互作网络(protein-protein interaction,PPI)筛选出核心基因,并分析它们与癌症患者生存率之间的相关性.结果 hsa-miR-22-3p和hsa-miR-671-5p共有198个相同的靶标基因;GO分析结果表明,这些靶基因在生物过程中显著丰富,包括肌动蛋白细胞骨架组织、神经元干细胞群维持、对尼古丁的行为反应;对于分子功能,这些靶点富含锌离子结合、蛋白质结构域特异性结合、核心启动子序列特异性DNA结合;细胞成分定位分析还显示,这些靶标在高尔基体的早期内体,细胞连接和整体成分中显著丰富;KEGG通路分析显示,这些交叉基因靶点在非小细胞肺癌、癌症中的胆碱代谢和粘蛋白型聚糖生物合成途径中富集;基于网络的工具分析显示,hsa-miR-22-3p和hsa-miR

作者：李明阳；马春霞；吴翰欣；吴小海；俞建昆；马千里

来源：中国生物制品学杂志 2018 年 31卷 6期