目的:全面分析肝癌的RNA结合蛋白和转录因子基因表达及免疫浸润对肝癌预后的预测价值。方法:在癌症基因组图谱(TCGA)(
n=365)、基因表达综合数据库GSE54236(
n=78)和GSE14520(
n=221)中筛选RNA结合蛋白和转录因子的共同基因集,单因素Cox回归分析进行初筛,通过LASSO-Cox构建生存回归模型,通过标准化得到整合RNA结合蛋白和转录因子的复合指数CIRT,根据其中位数将肝癌患者分为CIRT
high组(
n=182)和CIRT
low组(
n=182),并分析两组免疫浸润等差异。
结果:共筛选出37个预后相关的RNA结合蛋白和转录因子基因,通过LASSO-Cox构建基于其中7个最相关基因的预后预测模型。CIRT
high组患者的M1型巨噬细胞(
P=0.032)、M2型巨噬细胞(
P=0.009)、静息肥大细胞(
P<0.001)、活化自然杀伤细胞(
P=0.007)和静息记忆CD4
+ T细胞水平较低(
P<0.001),而CIRTlow组的静息树突状细胞(
P=0.048)、M0型巨噬细胞(
P<0.001)、中性粒细胞(
P=0.049)、滤泡辅助性T细胞(
P=0.004)和调节性T细胞(
P=0.001)水平较低,差异具有统计学意义。基因富集分析显示,CIRT
high组的TCGA和GSE145
作者:王鹏辉;冯国勋;俞巍;张洪义
来源:中华肝胆外科杂志 2022 年 28卷 9期