目的:通过筛选胃癌与正常组织的差异基因,分析并预测治疗胃癌的生物标志物及相关中药。方法:利用基因表达数据库(GEO)获取基因芯片,通过GEO2R工具获取差异表达基因(DEGs),进一步通过DAVID数据库对DEGs进行GO和KEGG分析。通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络,并筛选出关键基因,分析关键基因mRNA表达和生存曲线。利用Coremine Medical数据库预测作用于关键基因的中药。结果:3个基因芯片中共筛选出23个DEGs,其中17个上调基因,6个下调基因。GO分析表明差异基因主要富集在细胞外基质(ECM)、细胞外结构组织、蛋白质细胞外基质等。KEGG分析差异基因主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用、ECM-受体相互作用、蛋白质消化吸收、cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路等通路。通过CytoHubba分析后得到10个关键基因,其中Ⅰ型胶原α1(COL1A1)和含胶原三螺旋重复序列1(CTHRC1)被视为核心基因,COL1A1和CTHRC1的表达有助于区分肿瘤组织和正常组织,并与生存预后有关。预测出治疗胃癌的潜在中药代表药物有鹿茸、阿胶、党参等(
P<0.05)。
结论:COL1A1和CTHRC1有望成为诊断和治疗胃癌的生物标志物,该研究为治疗胃癌的中药及中成药的开发提供参考方向。
作者:魏晴;梁珊珊;孙庆文
来源:中华实验外科杂志 2023 年 40卷 2期