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目的:探讨1例合并外耳发育不良的先天性糖基化障碍1y型(congenital disorder of glycosylation type 1y,CDG-1y)患儿的遗传学病因。方法:采用家系全外显子测序法(trio-whole exome sequencing,trio-WES)检测相关基因的变异,通过Sanger测序法对候选变异进行验证,并对其致病性进行生物信息学预测。结果:患者为男性,10岁,主要表现为智力障碍、小头畸形合并先天性外耳发育不良。trio-WES检测发现患儿携带X染色体 SSR4基因第4外显子c.302dupC(p.Y102Lfs*2)半合子移码变异,既往未见报道。Sanger测序在患儿父母中均未发现同样的变异,故属于新发变异( de novo)(PS2);在主要人群基因频率数据库中均未收录(PM2)。多种软件预测结果均提示其为致病变异(PP3)。UCSF chimera软件分析提示,该变异可使 SSR4蛋白空间结构严重变形,导致生物学功能的丧失(PVS1+PM1)。根据ACMG指南,判断为致病性变异(PVS1+PS2+PM1+PM2+PP3)。 结论:SSR4基因c.302dupC(p.Y102Lfs*2)可能为患儿罹患CDG-1y的原因。上述发现拓宽了 SSR4基因的变异谱以及CDG-1y的表型谱。

作者:吴若豪;唐文婷;邱坤银;李晓娟;何展文

来源:中华医学遗传学杂志 2022 年 39卷 7期

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作者:
吴若豪;唐文婷;邱坤银;李晓娟;何展文
来源:
中华医学遗传学杂志 2022 年 39卷 7期
标签:
SSR4基因 新发变异 移码变异 先天性糖基化障碍病1y型 外耳发育不良 SSR4 gene De novo variant Frameshift variant Congenital disorder of glycosylation type 1y Dysplasia of external auditory canal
目的:探讨1例合并外耳发育不良的先天性糖基化障碍1y型(congenital disorder of glycosylation type 1y,CDG-1y)患儿的遗传学病因。方法:采用家系全外显子测序法(trio-whole exome sequencing,trio-WES)检测相关基因的变异,通过Sanger测序法对候选变异进行验证,并对其致病性进行生物信息学预测。结果:患者为男性,10岁,主要表现为智力障碍、小头畸形合并先天性外耳发育不良。trio-WES检测发现患儿携带X染色体 SSR4基因第4外显子c.302dupC(p.Y102Lfs*2)半合子移码变异,既往未见报道。Sanger测序在患儿父母中均未发现同样的变异,故属于新发变异( de novo)(PS2);在主要人群基因频率数据库中均未收录(PM2)。多种软件预测结果均提示其为致病变异(PP3)。UCSF chimera软件分析提示,该变异可使 SSR4蛋白空间结构严重变形,导致生物学功能的丧失(PVS1+PM1)。根据ACMG指南,判断为致病性变异(PVS1+PS2+PM1+PM2+PP3)。 结论:SSR4基因c.302dupC(p.Y102Lfs*2)可能为患儿罹患CDG-1y的原因。上述发现拓宽了 SSR4基因的变异谱以及CDG-1y的表型谱。