目的:筛选成骨型骨肉瘤与正常成骨细胞的差异表达基因，寻找成骨型骨肉瘤发生、发展的关键基因。方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库获得正常成骨细胞和骨肉瘤组织的基因表达数据集GSE33382，采用R语言的limma包筛选正常成骨细胞和成骨型骨肉瘤的差异表达基因，对差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用String数据库构建蛋白交互网络，应用Cytoscape软件的分子复合物检测(MCODE)插件筛选互作网络中的网络模块，应用Cytoscape软件中的BiNGO模块对MCODE筛选得到的前3个主要模块所包含的差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析。采用MCC算法筛选蛋白互作网络中前10个关键基因。从GEO数据库获得骨肉瘤的基因表达和生存数据集GSE39055，采用Kaplan-Meier法进行生存分析。选取2005年1月至2015年12月福建医科大学附属第一医院收治的48例成骨型骨肉瘤患者的资料进行验证，采用免疫组化法测定骨肉瘤组织中STC2蛋白的表达，结合患者的临床资料进行生存分析。结果:从GSE33382数据集中共鉴定出差异表达基因874个，其中下调基因402个，上调基因472个。KEGG富集分析显示，差异表达基因主要与p53信号通路、谷胱甘肽代谢、细胞外基质受体相互作用、细胞黏附分子、抗叶酸盐耐受、细胞衰
作者：沈荣凯；黄镇；朱夏；林建华
来源：中华肿瘤杂志 2022 年 44卷 2期
