目的 运用基因集富集分析(GSEA)探索人表皮生长因子受体2(HER2)基因表达状态对胃癌代谢通路影响情况.方法 下载癌症基因组图谱(TCGA)、基因表达综合数据库(GEO)和欧洲生物信息研究所(ArrayExpress)数据库的胃癌转录表达数据库,根据Her2拷贝数或者表达水平选取高低表达组,应用GSEA软件进行富集分析,取错误发现率q值(FDRqval) ＜25％和/或名义P值(nom P val) ＜0.01的代谢通路作为有意义的代谢基因集,结果绘制热图寻找共性.结果 在癌症基因组图谱胃腺癌集(TCGA STAD)、GEO数据集(GSE66229)等10个数据库中,Her2的高低表达对对过氧物酶体、N-聚糖生物合成和嘧啶代谢通路基因集有影响(FDR q val＜ 25％且nom P val ＜0.01),糖基磷脂酰肌醇、甘油磷脂、鞘脂类代谢差异有统计学意义(nom P val＜0.01).结论 多个数据库GSEA分析结果提示癌基因Her2的状态与多个代谢通路基因集有相关性.
作者：刘虎；吴思浛；包楚阳；李文娟；周守兵；金伟
来源：安徽医科大学学报 2020 年 55卷 9期
