目的:采用生物信息学的方法对miRNA-1的靶基因进行预测,并对其集合进行富集分析和生物学描述。方法分别采取TargetScan和PicTar对miRNA-1靶基因进行预测,取它们预测结果的合集。采用Cytospace的插件BiNGO和DAVID数据库,获得基因集合的基因本体注释和生物学通路信息并进行富集分析。结果获得miRNA-1预测的靶基因229个;分子功能富集在生物分子结合、酶调节和催化活动等;生物学过程富集在生物组装、代谢调控、应对刺激、生物合成和代谢等。生物学通路富集在富集于剪接体、囊泡运输中SNARE相互作用和小细胞肺癌。结论在高通量系统验证方法尚未建立的阶段,采用了生物信息学的方法,可以从miRNA-1调控网络中提出了进一步研究的线索。
作者:程远大;张春芳;高阳
来源:医学分子生物学杂志 2016 年 4期