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复杂疾病是基因与基因、基因与环境交互作用的结果,高维基因交互作用的探测给计算带来了极大的挑战.在过去20年间,机器学习方法被用于探测基因-基因交互作用,并取得了一定的效果.本文综述了机器学习方法在基因交互作用探测中的研究进展,系统地介绍了神经网络(neural networks, NN)、随机森林(random forest, RF)、支持向量机(support vector machines, SVM)和多因子降维法(multifactor dimensionality reduction, MDR)等机器学习方法在全基因组关联研究(genome wide association study, GWAS)中探测基因交互作用的原理和局限性,并对未来的研究进行了展望.

作者:彭哲也;唐紫珺;谢民主

来源:遗传 2018 年 40卷 3期

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彭哲也;唐紫珺;谢民主
来源:
遗传 2018 年 40卷 3期
标签:
机器学习 基因交互 全基因组关联分析 单核苷酸多态性 上位性 machine learning gene-gene interactions genome wide association studies single nucleotide polymorphism epistasis
复杂疾病是基因与基因、基因与环境交互作用的结果,高维基因交互作用的探测给计算带来了极大的挑战.在过去20年间,机器学习方法被用于探测基因-基因交互作用,并取得了一定的效果.本文综述了机器学习方法在基因交互作用探测中的研究进展,系统地介绍了神经网络(neural networks, NN)、随机森林(random forest, RF)、支持向量机(support vector machines, SVM)和多因子降维法(multifactor dimensionality reduction, MDR)等机器学习方法在全基因组关联研究(genome wide association study, GWAS)中探测基因交互作用的原理和局限性,并对未来的研究进行了展望.