目的 分析二氧化硅(SiO2)刺激的人肺上皮细胞株A549细胞微阵列芯片差异表达基因(DEGs),筛选与A549细胞损伤相关的潜在关键基因和信号通路.方法 从美国国立生物技术信息中心开发的公共基因芯片数据库下载芯片数据集GSE30215,采用GEO2R筛选SiO2刺激致A549细胞损伤的DEGs.将筛选出的DEGs导入生物学信息注释数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,同时采用相互作用基因库检索工具数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络.采用实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)法对A549细胞进行关键DEGs的表达验证.结果 共筛选出52个DEGs,其中上调的基因45个,下调的基因7个.GO富集分析结果显示,DEGs主要富集在胞外区,主要参与趋化因子、转录因子活性等细胞功能;KEGG信号通路分析结果显示,有关DEGs主要参与肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、核苷酸寡聚化结构域样受体信号通路等.PPI网络筛选出的节点度值最高的前10个关键DEGs分别为CC趋化因子配体(CCL)2、环氧合酶2、白细胞介素-6、CXC趋化因子配体(CX CL)8、CXCL2、jun原癌基因、集落刺激因子2(CSF2)、CCL20、TNF-α诱导蛋白3(TNFAIP3)和CXCL5.实时荧光定量PCR结果显示,除CCL2外,其余9个关键基因表达变化情况与筛选结果一致
作者：赵阿会；樊慧；杨培琰；赵有亮；金路恒；姚武；郝长付
来源：中国职业医学 2019 年 46卷 6期
