目的:筛选糖尿病足溃疡(DFU)的差异表达基因(DEG)并对其进行功能分析与临床验证,以期为慢性难愈性创面的表观遗传学治疗奠定理论基础。方法:采用观察性研究方法。选取基因表达综合数据库(GEO)中的DFU患者基因表达谱数据集GSE80178,采用GEO2R工具分析筛选数据集中3个正常皮肤组织样本与6个DFU组织样本之间的DEG。对筛选出的DEG,采用R语言程序包中ClusterProfiler、org.Hs.eg.db、GOplot和ggplot2分别进行生物学过程、分子功能、细胞组分的基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,筛选DEG中的关键基因,用Cytoscape 3.9.1软件中Cytohubba插件进行关键基因的GO富集分析。取厦门大学附属翔安医院2018年9月—2021年3月收治的15例DFU患者(男7例、女8例,年龄55~87岁)的DFU组织和15例急性创面患者(男6例、女9例,年龄8~52岁)术后弃用的正常皮肤组织,分别采用实时荧光定量反转录PCR法与免疫组织化学法检测富含脯氨酸的小重复蛋白1A(SPRR1A)和晚期角质化包膜蛋白3C(LCE3C)的mRNA与蛋白表达。对数据行独立样本
t检验。
结果:与正常皮肤组织比较,从DFU患者DFU组织中筛选出492个差异表达显著的D
作者:王鹏;陈昭宏;蒋丽媛;周小茜;贾赤宇;肖厚安
来源:中华烧伤与创面修复杂志 2022 年 38卷 10期