目的:探讨铁死亡基因(FRGs)和肝癌预后的关系,构建FRGs的肝癌预后评估模型。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)及国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库下载肝癌的转录组及临床数据,应用R和Perl软件对数据进行分析整理。TCGA肝癌数据集中,采用Wilcoxon检验获取肝癌和正常组织差异表达的FRGs,单因素Cox回归和最小绝对值收敛和选择算子(Lasso)分析挑选与生存相关的基因并构建肝癌预后模型。根据模型评分将患者分为高低评分两组,Wilcoxon检验获取两组间的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,同时进行单样本基因集富集分析(ssGSEA)探究预后差异的可能机制。在ICGC肝癌数据集中验证模型的可靠性。生存数据比较采用Kaplan-Meier法和Log-Rank检验,独立
t检验比较高低评分组间的免疫细胞浸润。
结果:对比肝癌和癌旁组织,从292个FRGs中,筛选8个(AURKA、LOX、FOXM1、G6PD、MAPT、SLC7A11、NQO1和STMN1)与肝癌患者总生存时间(OS)显著相关,基于此构建了肝癌预后评估模型。高评分组患者OS明显短于低评分组患者(3.148年比5.838年,
χ2=15.307,
P<0.01),且模型[风险比(
HR)=3.02,95
作者:范顺利;王政禄;史源;张赛;王昊;郑虹
来源:中华实验外科杂志 2022 年 39卷 10期