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目的 筛选鉴定胰腺癌进展过程的关键基因和途径,并进行综合分析.方法 利用GEO2R对胰腺癌基因表达集合GSE15471、GSE16515、GSE28735、GSE62165中差异表达基因(DEGs)进行筛选和识别,运用DAVID数据库进行GO分析和KEGG通路分析.然后应用STRING数据库构建了蛋白质相互作用(PPI)网络,并使用Cytoscape和GEPIA对Hub基因进行了鉴定.用反转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对这些Hub基因的mRNA水平进行定量分析.结果 筛选出181个上调差异表达基因(uDEGs)和64个下调差异表达基因(dDEGs),分析结果显示uDEGs和dDEGs在细胞成分(CC),生物过程(BP)和分子功能(MF)中分别富集,与多条信号通路密切相关.DEGs中degree得分较高的top 25基因.8个基因的差异表达可预测胰腺癌的预后不良.RT-qPCR结果显示这些基因在胰腺癌组织中均有差异表达发生.结论 MMP14、MMP1、MET、PLAU、ITGA2、KRT19、COL12A1和ITGA3是与胰腺癌进展有关的关键基因.

作者:柳兴源;李菁媛;杨静

来源:肿瘤防治研究 2020 年 47卷 1期

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作者:
柳兴源;李菁媛;杨静
来源:
肿瘤防治研究 2020 年 47卷 1期
标签:
生物信息学分析 差异表达基因 胰腺癌
目的 筛选鉴定胰腺癌进展过程的关键基因和途径,并进行综合分析.方法 利用GEO2R对胰腺癌基因表达集合GSE15471、GSE16515、GSE28735、GSE62165中差异表达基因(DEGs)进行筛选和识别,运用DAVID数据库进行GO分析和KEGG通路分析.然后应用STRING数据库构建了蛋白质相互作用(PPI)网络,并使用Cytoscape和GEPIA对Hub基因进行了鉴定.用反转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)对这些Hub基因的mRNA水平进行定量分析.结果 筛选出181个上调差异表达基因(uDEGs)和64个下调差异表达基因(dDEGs),分析结果显示uDEGs和dDEGs在细胞成分(CC),生物过程(BP)和分子功能(MF)中分别富集,与多条信号通路密切相关.DEGs中degree得分较高的top 25基因.8个基因的差异表达可预测胰腺癌的预后不良.RT-qPCR结果显示这些基因在胰腺癌组织中均有差异表达发生.结论 MMP14、MMP1、MET、PLAU、ITGA2、KRT19、COL12A1和ITGA3是与胰腺癌进展有关的关键基因.