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目的 探讨放射性肺纤维化(RILF)形成过程中基因表达谱的变化.方法 从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)公共基因芯片数据平台(gene expression omnibus, GEO)下载RILF相关的时间序列基因表达数据.通过信号通路数据库(kyoto encyclopedia of genes and enomes,KEGG)进行信号通路富集分析,并通过蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析获得RILF发生过程中的关键基因.结果 在每个时间点分别鉴定不同数量的上调、下调的差异表达基因(DEGs),其中,不同时间点上调的DEGs主要在泛素介导的蛋白质水解、造血通路、昼夜节律、细胞因子受体相互作用等通路显著富集.在下调的DEGs中,不同时间点富集的通路主要为cGMP-PKG信号通路、细胞外基质受体相互作用、唾液分泌和肿瘤相关通路.在照射后第8周这个时间点可以筛选到数量最多的关键基因.这些关键基因中139个属于上调表达,57个属于下调表达.第8周上调表达的关键基因主要在免疫调节、防御反应及细胞活化过程中发挥作用.下调的关键基因主要在细胞周期、细胞分裂及染色体分离过程中发挥作用.结论 X射线照射(2.61Gy· min-1)第8周可能是小鼠RILF发病过程中的关键时期,肺脏基因表达谱随时间变化而明显不同.

作者:邹观莲;陈娟;王艳阳;赵仁

来源:宁夏医科大学学报 2019 年 41卷 6期

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作者:
邹观莲;陈娟;王艳阳;赵仁
来源:
宁夏医科大学学报 2019 年 41卷 6期
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放射性肺纤维化 基因芯片 生物信息学分析 差异表达基因 时间点
目的 探讨放射性肺纤维化(RILF)形成过程中基因表达谱的变化.方法 从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)公共基因芯片数据平台(gene expression omnibus, GEO)下载RILF相关的时间序列基因表达数据.通过信号通路数据库(kyoto encyclopedia of genes and enomes,KEGG)进行信号通路富集分析,并通过蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析获得RILF发生过程中的关键基因.结果 在每个时间点分别鉴定不同数量的上调、下调的差异表达基因(DEGs),其中,不同时间点上调的DEGs主要在泛素介导的蛋白质水解、造血通路、昼夜节律、细胞因子受体相互作用等通路显著富集.在下调的DEGs中,不同时间点富集的通路主要为cGMP-PKG信号通路、细胞外基质受体相互作用、唾液分泌和肿瘤相关通路.在照射后第8周这个时间点可以筛选到数量最多的关键基因.这些关键基因中139个属于上调表达,57个属于下调表达.第8周上调表达的关键基因主要在免疫调节、防御反应及细胞活化过程中发挥作用.下调的关键基因主要在细胞周期、细胞分裂及染色体分离过程中发挥作用.结论 X射线照射(2.61Gy· min-1)第8周可能是小鼠RILF发病过程中的关键时期,肺脏基因表达谱随时间变化而明显不同.