目的 筛选狼疮肾炎(lupus nephritis,LN)的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)及其作用通路,探讨LN发病的分子机制.方法 芯片数据来源于高通量基因表达(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库.选取含LN信息的基因芯片GSE127797和GSE32591.GSE127797包含LN肾组织(54例)基因表达谱,GSE32591包括正常肾组织(29例)和LN肾组织(64例)基因表达谱.利用R语言软件校正、分析基因芯片GSE127797和GSE32591并筛选DEGs,完成DEGs的基因本体(Gene Ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析.用STRING数据库和Cytoscape软件分析LN差异表达基因之间的关系,并对基因之间关系进行可视化分析.使用Cytohubba插件分析蛋白质相互作用网络的关联度,筛选关键DEGs.结果 筛选出肾小球和肾小管共同DEGs 114个,其中64个上调基因,50个下调基因.GO分析结果显示,生物学过程(biolog-ical process,BP)方面,共同DEGs主要参与病毒防御反应、Ⅰ型干扰素(type Ⅰ interferon,IFN-Ⅰ)信号通路、病毒基因组复制的调控等生物过程;细胞组成(cellular component,CC)方面,共同DEGs参与的细胞组分包括胶原蛋白三聚物、血小板a颗粒、胞质囊腔、细胞器外膜等;分子功能(mol
作者:陶丽;钱诗睿;苏华
来源:华中科技大学学报(医学版) 2022 年 51卷 4期