目的 通过生物信息学方法筛选对肝细胞癌(HCC)早期诊断、治疗和生存预后有显著意义的关键基因. 方法 利用GEO数据库在线分析工具GEO2R对3组HCC芯片GSE76427、GSE41804和GSE33006进行差异基因分析;利用DAVID数据库和String数据库对差异基因进行基因本体(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和蛋白互作(PPI)网络分析,再利用Cytoscape软件的CytoHubba插件的MCC算法,获取链接度最高的前10个基因;利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析10个基因对HCC患者的生存预后意义;利用cBioPortal数据库分析10个基因在HCC中基因共表达、基因突变、药物靶基因和生存预后情况,最终确定关键基因;利用UALCAN数据库验证关键基因在HCC患者的表达和生存预后情况. 结果 共得到235个差异基因,其GO功能分析显示差异基因的生物学过程(BP)主要富集在氧化还原过程、补体激活和药物反应等129个过程;细胞构成(CC)主要集中在细胞外区域、细胞外间隙和细胞外小体等229个部分;分子功能(MF)主要富集在单加氧酶活性、血红素结合和铁离子结合等72个功能.KEGG通路富集在代谢途径以及补体和凝固级联的55条通路.筛选出链接度高的前10个HUB基因AURKA、TOP2A、CDC20、UBE2C、KIF20A、CCNB2、PTTG1、NCAPG、ASPM和NUSAP1,其中AURK
作者：陆进；杨月；赵学影；胡超力
来源：山西医科大学学报 2019 年 50卷 7期
